南方医科大学口腔医学院前身为第一军医大学口腔专科班；2004年第一军医大学更名为南方医科大学；2005年成立南方医科大学口腔医学系；2008年升格为南方医科大学口腔医学院。2011年经上级批准正式成立南方医院院中院“南方医院口腔医院”。院长吴补领教授为我国著名口腔医学专家，现担任中华口腔医学会常务理事、国际牙医师学院院士、中华口腔医学会老年口腔医学专委会主任委员、中华口腔医学会牙体牙髓病学专委会常委、广东省口腔医学会副会长等多个学术任职。学院设有口腔基础医学、口腔临床医学等多个教研室。拥有占地2000m2、国际一流的口腔医学教学实验室，包括具有国际领先水平的日本森田CLINSIM口腔教学头颌模拟训练室。学院每年招收五年制本科生60名。博士、硕士研究生30名。学院同时实行多层次办学，承担多项国家级继续医学教育项目，举办成人教育大专班。学院目前承担多项国家级、省部级重点科研课题，在龋病病因学、牙齿的发育机制及其调控等研究领域处于高水平。同时重视发展国际间的交流合作，与日本大阪齿科大学、东京大学齿学部、美国加州大学洛杉矶分校牙科学院等国外的口腔医学院建立有长期学术交流和合作关系。南方医院口腔医院为南方医科大学口腔医学院临床科研教学基地。目前具有口腔医学专业本科学位以上的师资共计45名，包括教授5名，副教授12名，讲师15名，住院医师13名，其中博士生导师4名，硕士生导师6名；博士后5名；博士学位获得者22名，硕士学位获得者15名。医院设有牙体牙髓病科、儿童口腔科、口腔预防科、牙周黏膜病科、老年口腔科、口腔修复科、口腔颌面外科、口腔种植科、口腔正畸科、口腔特诊科、口腔放射科、口腔综合科等临床科室。其中牙体牙髓病专业为全国临床重点专科。全院现有口腔综合治疗台80余台，病床40张，日门诊量400余人次。南方医院口腔医院依托于南方医科大学口腔医学院，能够将口腔医学院各项具有国际先进水平的科研成果及时应用于临床，更好的为临床患者服务。目前除开展口腔常见病的治疗外，在残根、残冠的保存修复治疗；四环素牙、氟斑牙的美容修复；牙齿及颅颌面缺损的种植修复；眼、耳缺损的赝复修复；颌面部整形美容；颌面头颈部肿瘤；颞颌关节病变；牙周病、口腔黏膜病；复杂牙列缺损的义齿修复；成人正畸；小儿牙病等疑难复杂疾病的诊治各具特色，居国内高水平。