双侧卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见表现，其治疗方法包括药物治疗、手术治疗、保守治疗、介入治疗以及期待治疗等。
1. 药物治疗：常用的药物有非甾体类抗炎药，如布洛芬、萘普生等，可缓解疼痛症状；孕激素类药物，如地诺孕素、醋酸甲羟孕酮等，能抑制异位内膜生长；促性腺激素释放激素激动剂，如亮丙瑞林、戈舍瑞林等，可降低雌激素水平，造成体内低雌激素状态，使异位的内膜萎缩。但使用药物治疗时需遵医嘱。
2. 手术治疗：对于囊肿较大、症状明显或药物治疗无效的患者，可选择手术治疗。手术方式包括腹腔镜手术和开腹手术，通过切除囊肿、清除异位病灶来缓解症状。
3. 保守治疗：对于年轻有生育需求、病情较轻的患者，可采取保守治疗，如定期复查超声，监测囊肿的变化。
4. 介入治疗：在超声引导下进行穿刺抽液，并注入硬化剂，使囊肿缩小。
5. 期待治疗：对于囊肿较小、无症状的患者，可暂时不进行治疗，定期复查，观察囊肿的发展情况。
总之，双侧卵巢巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育需求等因素综合考虑，选择最适合的治疗方案。患者应前往正规医院就诊，在医生的指导下进行治疗。