指甲盖凹陷可能由多种因素引起，包括营养不良、真菌感染、皮肤病、外伤以及某些系统性疾病等。
1. 营养不良：当身体缺乏维生素 A、B 族维生素、钙、铁等营养素时，指甲的生长可能受到影响，出现凹陷。例如，长期饮食不均衡、过度节食或患有吸收不良综合征等。
2. 真菌感染：常见的如灰指甲（甲癣），真菌侵入指甲后破坏指甲结构，导致指甲增厚、变色、凹陷。
3. 皮肤病：银屑病、湿疹等皮肤病可能累及指甲，引起指甲凹陷。银屑病患者的指甲可出现顶针样凹陷，湿疹则可能因炎症刺激导致指甲形态改变。
4. 外伤：指甲受到直接的外力损伤，如挤压、砸伤等，可能导致指甲凹陷，甚至甲床受损。
5. 系统性疾病：某些全身性疾病也可能影响指甲，如缺铁性贫血，由于血红蛋白合成不足，影响指甲的营养供应；还有雷诺氏病，会影响末梢血液循环，导致指甲生长异常出现凹陷。
总之，指甲盖凹陷可能是多种因素共同作用的结果。如果发现指甲凹陷，且持续不改善或伴有其他症状，如指甲变色、疼痛、周围皮肤红肿等，应及时就医，明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的饮食和生活习惯，有助于维持指甲的健康。