情绪不稳定且有时清醒有时糊涂，可能由多种因素引起，如精神心理因素、神经系统疾病、内分泌失调、脑部损伤以及药物副作用等。

1. 精神心理因素：常见的如焦虑症、抑郁症等精神障碍，会影响人的情绪状态，导致情绪波动较大，时而清醒时而糊涂。这类疾病通常与遗传、环境压力、个人性格等有关。治疗上，可采用心理治疗，如认知行为疗法，以及药物治疗，如舍曲林、氟西汀、帕罗西汀等。

2. 神经系统疾病：例如阿尔茨海默病、帕金森病等，会影响大脑的正常功能，从而出现情绪和认知方面的问题。其发病可能与神经退行性变、基因突变等有关。治疗方法包括使用改善认知功能的药物，如多奈哌齐、美金刚等，以及康复训练。

3. 内分泌失调：甲状腺功能亢进或减退等内分泌疾病，可能导致激素水平失衡，影响神经系统和情绪。治疗需针对具体的内分泌问题进行，如甲亢可使用甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等药物。

4. 脑部损伤：如脑外伤、脑卒中等，损伤大脑组织，影响情绪和认知功能。治疗包括急性期的急救处理，以及后续的康复治疗和药物辅助，如胞磷胆碱钠等。

5. 药物副作用：某些药物，如抗癫痫药、镇静催眠药等，可能产生影响情绪和认知的副作用。此时需要调整用药方案。

总之，情绪不稳定有时清醒有时糊涂的原因较为复杂。如果出现这种情况，应及时到正规医院就诊，通过相关检查明确原因，并在医生的指导下进行针对性治疗。