小肚子疼可能由多种原因引起，如消化系统问题、泌尿系统疾病、生殖系统异常、腹部肌肉拉伤以及其他较为少见的原因等。

1. 消化系统问题：常见的有肠胃炎，多因饮食不洁导致细菌、病毒感染，引起肠道炎症，出现小肚子疼痛，还可能伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。肠痉挛也较常见，多由腹部着凉或进食刺激性食物引起，疼痛多为阵发性。此外，肠梗阻、阑尾炎等也会导致小肚子疼痛。

2. 泌尿系统疾病：例如膀胱炎，炎症刺激膀胱黏膜，可出现小肚子疼痛，还会有尿频、尿急、尿痛等表现。输尿管结石在移动过程中刺激输尿管，也会引起小肚子剧烈疼痛，并可能伴有血尿。

3. 生殖系统异常：女性如果有盆腔炎，会出现小肚子持续性疼痛，还可能有白带增多、异味等。子宫内膜异位症时，异位的内膜组织在月经期间出血刺激周围组织，也会导致小肚子疼痛。男性的前列腺炎、精索静脉曲张等也可能引起小肚子疼痛。

4. 腹部肌肉拉伤：剧烈运动或不当的姿势可能导致腹部肌肉拉伤，从而引起小肚子疼痛，这种疼痛通常在活动或按压时加重。

5. 其他原因：腹腔内的肿瘤，如小肠肿瘤等，早期可能症状不明显，随着肿瘤增大，会出现小肚子疼痛。

总之，小肚子疼的原因较为复杂，如果疼痛持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时到正规医院进行相关检查，如腹部超声、血常规、尿常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。