女性小腹两侧疼痛可能由多种原因引起，如盆腔炎、附件炎、卵巢囊肿、输尿管结石、肠道疾病等。

1. 盆腔炎：这是女性生殖器官及其周围结缔组织、盆腔腹膜发生的炎症。多由病原体经生殖道上行感染引起，常见病原体有淋病奈瑟菌、沙眼衣原体等。症状除了小腹两侧疼痛，还可能有阴道分泌物增多、发热等。治疗通常包括抗生素治疗，如头孢曲松钠、甲硝唑、左氧氟沙星等，同时要注意休息，加强营养。

2. 附件炎：指输卵管和卵巢的炎症。致病微生物侵入生殖器官后引起输卵管、卵巢感染。表现为下腹疼痛、坠胀，腰骶部酸痛。治疗以抗生素抗感染为主，如阿莫西林、阿奇霉素等。

3. 卵巢囊肿：当卵巢囊肿较大或发生扭转、破裂时，会导致小腹两侧疼痛。较小的囊肿可能无明显症状，较大的囊肿可通过超声等检查发现。治疗方法取决于囊肿的性质、大小、症状等，可能包括观察随访、手术治疗等。

4. 输尿管结石：结石在输尿管内移动或卡顿，可引起小腹两侧疼痛，常伴有血尿、尿频、尿急等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动自行排出，较大的结石可能需要体外冲击波碎石或手术治疗。

5. 肠道疾病：如结肠炎、肠痉挛等，也可能引起小腹两侧疼痛。多与饮食、感染等因素有关。治疗需根据具体病因，如调整饮食、使用解痉药（如山莨菪碱）等。

总之，女性小腹两侧疼痛的原因较为复杂，如果疼痛持续不缓解或伴有其他不适症状，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如超声、血常规、尿常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。