心情不好时心里不舒服，可能由精神心理因素、心脏疾病、呼吸系统问题、消化系统异常、内分泌失调等引起。

1. 精神心理因素：当处于焦虑、抑郁、紧张等不良情绪状态时，自主神经功能可能会紊乱，导致心跳加快、血压升高，从而出现心里不舒服的感觉。常见的精神心理疾病如焦虑症、抑郁症等，可能会伴随心慌、胸闷等躯体症状。

2. 心脏疾病：如冠心病、心律失常等。冠心病患者的冠状动脉狭窄或阻塞，心肌供血不足，在情绪波动时可能加重症状，引起心里不适。心律失常如早搏、心动过速等，也可能导致心跳节律异常，让人感到心里不舒服。

3. 呼吸系统问题：例如慢性阻塞性肺疾病、哮喘等，在情绪不佳时可能会影响呼吸功能，导致缺氧，进而引起心里难受。

4. 消化系统异常：胃炎、胃溃疡等消化系统疾病，可能因情绪变化导致胃酸分泌增多，刺激胃黏膜，引发上腹疼痛，有时这种疼痛可能会被误认为是心里不舒服。

5. 内分泌失调：甲状腺功能亢进或减退等内分泌疾病，会影响身体的代谢和神经功能，在情绪波动时可能出现心里不适的症状。

总之，心情不好时心里不舒服可能是多种因素共同作用的结果。如果这种情况频繁出现或持续不缓解，建议及时就医，进行相关检查，如心电图、心脏超声、胃镜、甲状腺功能检查等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意调节情绪，保持良好的心态和生活习惯。