复杂性肛瘘的病因较为复杂，主要包括肛门直肠周围脓肿、肛门直肠损伤、肛门裂反复感染、结核、克罗恩病等。
1. 肛门直肠周围脓肿：肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后，脓腔虽逐渐缩小，但破溃或引流口不能闭合，形成瘘管。
2. 肛门直肠损伤：外伤、异物、会阴手术等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起感染，形成肛瘘。
3. 肛门裂反复感染：肛门裂反复感染可向皮下蔓延，形成皮下瘘。
4. 结核：结核杆菌感染可引起肛瘘，此类肛瘘多为慢性过程。
5. 克罗恩病：克罗恩病是一种肠道炎症性疾病，可累及肛门直肠，导致肛瘘的发生。
6. 其他：如直肠肛管癌、肛管直肠的先天性畸形等，也可能引发复杂性肛瘘。
总之，复杂性肛瘘的病因多样，且可能由多种因素共同作用导致。对于出现相关症状的患者，应及时就医，明确病因，采取合适的治疗方法。