大拇指指甲凹陷可能由多种原因引起，如营养不良、真菌感染、外伤、某些疾病等。需要明确病因，采取针对性的治疗措施，包括改善饮食、使用药物、进行物理治疗等。

1. 营养不良：如果是由于缺乏维生素、矿物质（如铁、锌、钙等）导致的指甲凹陷，需要调整饮食结构，多摄入富含这些营养元素的食物，如肉类、蛋类、奶制品、新鲜蔬菜水果等。必要时，可在医生指导下服用多维元素片、葡萄糖酸锌口服液、乳酸钙颗粒等。

2. 真菌感染：常见的如灰指甲，会引起指甲凹陷。此时需要使用抗真菌药物，如外用的阿莫罗芬搽剂、环比酮胺乳膏，口服的伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等。治疗期间要注意个人卫生，防止交叉感染。

3. 外伤：指甲受到挤压、碰撞等外伤后可能出现凹陷。一般轻度外伤，随着指甲的生长会逐渐恢复。如果损伤较严重，可能需要手术修复。

4. 疾病因素：某些疾病如缺铁性贫血、甲状腺功能减退等也可能导致指甲凹陷。对于缺铁性贫血，需要补充铁剂，如硫酸亚铁片、富马酸亚铁颗粒等。甲状腺功能减退则可能需要服用左甲状腺素钠片进行治疗。

5. 其他原因：长期接触化学物质、指甲发育异常等也可能导致指甲凹陷。应尽量避免接触有害化学物质，对于指甲发育异常，可能需要进一步评估，以确定是否需要特殊治疗。

大拇指指甲凹陷的治疗需要综合考虑多种因素，明确病因是关键。在治疗过程中，要遵循医生的建议，按时用药，注意个人卫生和生活习惯。如果指甲凹陷的情况持续不改善或加重，应及时到正规医院就诊。