睡醒后腰疼可能由多种原因引起，包括床垫不合适、腰部肌肉劳损、腰椎间盘突出、泌尿系统疾病、强直性脊柱炎等。

1. 床垫不合适：床垫过软或过硬，都无法给腰部提供良好的支撑，导致腰部肌肉在睡眠中持续紧张，睡醒后出现疼痛。这种情况通常调整床垫硬度或更换合适的床垫可以缓解。

2. 腰部肌肉劳损：长期的弯腰劳动、久坐、运动过度等，容易造成腰部肌肉的慢性损伤。睡眠时肌肉放松，醒来后活动时可能会感到疼痛。治疗方法包括休息、热敷、按摩、物理治疗以及在医生指导下使用非甾体抗炎药，如布洛芬、双氯芬酸钠、对乙酰氨基酚等。

3. 腰椎间盘突出：腰椎间盘的退变、损伤等因素导致椎间盘突出，压迫神经根，引起腰疼。患者可能伴有下肢放射痛、麻木等症状。治疗方式包括卧床休息、牵引、药物治疗（如甲钴胺营养神经）、手术治疗等。

4. 泌尿系统疾病：如肾结石、输尿管结石等，可引起腰部疼痛，疼痛可能较为剧烈，还可能伴有血尿、尿频、尿急等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动促进排出，较大的结石可能需要体外碎石或手术治疗。

5. 强直性脊柱炎：这是一种自身免疫性疾病，主要侵犯脊柱、骶髂关节等部位，早期可表现为睡醒后腰部疼痛、僵硬，活动后减轻。治疗常使用非甾体抗炎药（如塞来昔布、美洛昔康）、抗风湿药（如柳氮磺胺吡啶、甲氨蝶呤）等。

睡醒后腰疼的原因较为复杂，如果疼痛持续不缓解或伴有其他不适症状，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。