晚上刷完牙还有口臭，可能由多种因素导致，如口腔疾病、消化系统问题、不良饮食习惯、呼吸系统疾病、内分泌紊乱等。

1. 口腔疾病：龋齿、牙周炎、牙龈炎等口腔炎症性疾病，会导致口腔内细菌滋生，产生异味。龋齿需要进行补牙治疗，牙周炎和牙龈炎则可能需要洗牙、龈下刮治等。常用药物有甲硝唑、阿莫西林、头孢呋辛酯等。

2. 消化系统问题：胃食管反流病、消化不良、幽门螺杆菌感染等。胃食管反流病可使用奥美拉唑、多潘立酮等药物；消化不良可考虑使用健胃消食片、乳酸菌素片等；幽门螺杆菌感染则需进行四联疗法，常用药物有阿莫西林、克拉霉素、奥美拉唑、枸橼酸铋钾等。

3. 不良饮食习惯：长期食用辛辣、油腻、刺激性食物，或有抽烟、饮酒等习惯，也可能引起口臭。需要调整饮食结构，戒烟戒酒。

4. 呼吸系统疾病：如鼻窦炎、扁桃体炎等，炎症产生的分泌物可能导致口臭。鼻窦炎可使用鼻用糖皮质激素如糠酸莫米松鼻喷雾剂，扁桃体炎严重时可能需要使用抗生素如头孢克洛。

5. 内分泌紊乱：糖尿病、甲状腺功能亢进等内分泌疾病也可能引发口臭。糖尿病患者要控制血糖，甲状腺功能亢进患者则需进行抗甲状腺治疗。

总之，晚上刷完牙仍有口臭可能由多种原因引起。如果口臭问题持续存在且严重影响生活，建议及时到正规医院就诊，查明原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，保持良好的口腔卫生和健康的生活习惯也是预防和改善口臭的重要措施。