大拇指指甲根部凹陷可能由多种原因引起，如营养不良、真菌感染、外伤、某些疾病以及遗传因素等。
1. 营养不良：身体缺乏维生素（如维生素 A、B 族维生素、维生素 D 等）、矿物质（如钙、铁、锌等）时，可能影响指甲的正常生长，导致指甲根部凹陷。
2. 真菌感染：常见的如灰指甲，真菌侵袭指甲，破坏指甲结构，引起指甲变形，包括根部凹陷。
3. 外伤：大拇指受到外力撞击、挤压等损伤，可能损伤指甲根部的组织，造成凹陷。
4. 疾病因素：某些疾病如缺铁性贫血、甲状腺功能减退、雷诺氏病等，可能影响指甲的血液循环和营养供应，导致指甲根部凹陷。
5. 遗传因素：部分人可能由于遗传，天生存在指甲根部凹陷的情况。
总之，大拇指指甲根部凹陷的原因较为复杂。如果发现这种情况，建议及时就医，通过相关检查（如微量元素检测、真菌检查、血常规等）明确原因，并在医生的指导下进行针对性的治疗。同时，要保持良好的生活习惯，均衡饮食，注意手部防护。