肛瘘手术的最佳时机取决于多种因素，如肛瘘的类型、症状严重程度、患者身体状况、是否存在合并症以及患者个人意愿等。
1.肛瘘类型：低位单纯性肛瘘，一般病情相对较轻，手术时机选择相对灵活；而高位复杂性肛瘘，由于病情复杂，应尽早手术，以免病情加重。
2.症状严重程度：如果肛瘘频繁发作，出现大量脓液、剧烈疼痛、发热等严重症状，应及时手术。若症状较轻，可先保守治疗观察。
3.患者身体状况：患者身体状况良好，能够耐受手术时，可尽快安排手术。若存在严重的基础疾病，如心脑血管疾病、糖尿病控制不佳等，需要先调整身体状况，待稳定后再手术。
4.是否存在合并症：若合并肛周脓肿、肛裂等其他肛肠疾病，应综合考虑，制定手术方案，及时手术治疗。
5.患者个人意愿：有些患者因工作、生活等原因，对手术时间有特殊要求，医生会在病情允许的情况下，尽量满足患者需求。
总之，肛瘘手术时机的选择需要综合考虑多种因素，患者应与医生充分沟通，根据自身情况制定最适合的治疗方案。