肛瘘手术后的疼痛持续时间因人而异，一般受到手术方式、伤口大小、个人疼痛耐受程度、术后护理以及是否出现并发症等因素的影响。通常来说，疼痛可能会持续数天至数周不等。

1.手术方式：不同的肛瘘手术方式对组织的损伤程度不同。例如，传统的切开挂线术创伤相对较大，术后疼痛可能会持续 1 - 2 周；而一些微创手术，如肛瘘栓填充术，术后疼痛相对较轻，可能持续 3 - 7 天。

2.伤口大小：伤口越大，恢复所需时间越长，疼痛持续时间也可能相应延长。较大的肛瘘伤口可能导致疼痛持续 2 - 3 周。

3.个人疼痛耐受程度：每个人对疼痛的感受和耐受能力不同。有些人可能对疼痛较为敏感，即使伤口较小，也可能感觉疼痛持续时间较长；而耐受性好的人，疼痛持续时间可能相对较短。

4.术后护理：术后保持伤口清洁、按时换药、合理饮食、避免剧烈运动等良好的护理措施有助于伤口愈合，减轻疼痛。若护理不当，如伤口感染，会加重疼痛，延长疼痛时间。

5.并发症：若术后出现感染、出血、假性愈合等并发症，疼痛时间会明显延长，可能持续数周甚至更长。

总之，肛瘘手术后的疼痛持续时间没有固定标准。患者在术后应严格遵循医生的建议进行护理，若疼痛剧烈或持续不缓解，应及时就医，以便采取相应的治疗措施。