肛门囊肿手术后疼痛持续的时间因人而异，一般受手术创伤大小、个人疼痛耐受程度、术后护理情况、是否感染以及恢复速度等因素影响。通常，多数患者在术后 1 - 2 周疼痛明显减轻，部分可能需要 3 - 4 周甚至更长时间。

1. 手术创伤大小：手术切口越大、切除组织越多，创伤就越大，术后疼痛持续时间可能越长。例如复杂的囊肿或伴有周围组织广泛粘连时，手术操作复杂，术后恢复较慢，疼痛可能持续 3 - 4 周。

2. 个人疼痛耐受程度：每个人对疼痛的感受和耐受能力不同。有些人对疼痛较为敏感，可能觉得疼痛持续时间较长；而耐受性较好的人，可能在较短时间内就感觉疼痛不明显了。

3. 术后护理情况：术后保持肛门局部清洁、干燥，按时换药，避免久坐、久站，合理饮食等，有助于减轻疼痛和促进恢复。如果护理不当，如伤口感染、摩擦刺激等，会延长疼痛时间。

4. 是否感染：若术后发生伤口感染，会出现红肿、疼痛加剧、渗液等症状，疼痛持续时间会延长，可能需要积极抗感染治疗后才能缓解。

5. 恢复速度：个体的身体恢复能力不同。年龄较小、身体状况良好的患者通常恢复较快，疼痛持续时间相对较短；而年老体弱或伴有其他基础疾病（如糖尿病）的患者，恢复较慢，疼痛可能持续较久。

总之，肛门囊肿手术后疼痛持续的时间受多种因素影响。患者术后应严格遵循医生的建议进行护理，如有异常疼痛或其他不适，应及时就医。